El Apertura 2007 fue el torneo en el que Sergio Markarián llegó al conjunto celeste, tuvieron que pasar muchos intentos para que el charrúa llegará al banquillo cementero, pero por fin se pudo concretar la contratación.
El uruguayo recibió un Cruz Azul desgastado, con una genética perdedora, hacía grandes torneos pero siempre se quedaba en cuartos de final, en el Apertura 2005, Toluca los echó en dicha ronda, al igual que en el Clausura 2006, en el Apertura 2006, la historia no fue distinta, cuando Chivas siendo octavo lo eliminó de manera prematura, en Clausura 2007, Pachuca fue el verdugo.
El Pingüino llegó con la barredora encendida, en su primera temporada no pudo contra Atlante en los cuartos del Apertura 2007, en “Chelito” Delgado se despidió de los celestes para tener su aventura en el Lyon de Francia.
El objetivo era claro, devolverle el color a un equipo gris, su mano se notó de inmediato, Carlos Bonet, Pablo Zeballos, Cristian Riveros y Nicolás Vigneri fueron los refuerzos para ese torneo, estos jugadores se han quedado en la memoria de los fanáticos celestes.
En su segundo torneo al frente de Cruz Azul, en el Clausura 2008 sentó al Óscar Pérez, un ídolo, de los últimos sobrevivientes del último campeonato del club en 1997 ante León, Yosgart Gutiérrez fue el nuevo cancerbero azul, además Sergio Markarían dio salida a hombres que a su opinión ya habían concluido su etapa con el cuadro de la Noria, como Jared Borgetti, Richard Nuñez o Israel López.
Ese torneo la “Máquina” en un partido de antología dio cuenta de Jaguares para acceder a las semifinales contra San Luis de Raúl Arias, eliminó al cuadro potosino, en ese momento Cruz Azul ya tenía madera de campeón, la fortuna y el buen de futbol de Santos fue determinante para que los “Guerreros” en una gesta heroica de Cruz Azul y en semifinales eliminaría a San Luis para jugar la gran final ante Santos Laguna.
De manera increíble salió del club al finalizar el torneo y se quedó en su lugar el maestro Benjamín Galindo.
