En mayo de 2006, Chivas cumplió 100 años de su fundación y el torneo de Clausura se convirtió de inmediato en algo muy especial para el equipo entonces dirigido por José Manuel de la Torre. El objetivo era conseguir el título once en la historia del club rojiblanco en plenos festejos del centenario.
El torneo regular no fue de lo mejor para Guadalajara que apenas sumó 23 puntos producto de 6 victorias, 5 empates y 6 derrotas para entrar a la liguilla como séptimo de la tabla general. El gran inconveniente para los tapatíos era que la fiesta grande se jugaría sin seleccionados nacionales, ya que el equipo de Ricardo La Volpe comenzaba concentración para disputar la Copa del Mundo de Alemania 2006.
Un año antes, en 2005, la participación de la Selección Azteca en la Copa Confederaciones, le costó muy cara al Rebaño pues prácticamente con un cuadro alternativo cayeron en las semifinales de Libertadores ante el Paranaense de Brasil. Para la liguilla de 2006, Chivas no contaría con referentes como Oswaldo Sánchez, Carlos Salcido, Ramón Morales, Gonzalo Pineda, Omar Bravo y “Maza Rodríguez” por su convocatoria al Mundial.
Con un equipo lleno de jóvenes y suplentes como Alfredo Talavera, Patlán, Julio Estrada, Jorge Barrera, Gaucho Ávila, Guadalajara se enfrentó a los Jaguares en la fase de cuartos de final. Dirigidos por Luis Fernando Tena, los chiapanecos terminaron sublíderes generales y contaban en sus filas con el campeón de goleo Salvador Cabañas.
El partido de ida en el Estadio Jalisco terminó con ventaja de 3-2 en favor de Jaguares, lo que obligaba al Rebaño a ganar por dos en el Víctor Manuel Reyna de Tuxtla Gutiérrez en el juego de vuelta.
Con una temperatura de casi 38 grados, Chivas recibió el primer gol de la vuelta a los pocos segundos de iniciado el partido lo que puso “imposible” el panorama. Sin embargo, el corazón rojiblanco se pudo sobreponer a las circunstancias y con anotaciones de Edwin Borboa, Diego Martínez, Adolfo Bautista y Johnnie García en el tiempo de compensación le dio vuelta al global y amarro el pase a semifinales. Esa hazaña es conocida como el “Milagro del Centenario.
Lamentablemente para la afición rojiblanca, Chivas no pudo completar la hazaña de llegar a la final del Clausura y en semis terminó eliminado por Pachuca también de una forma dramática con una anotación de Aquivaldo Mosquera.
