En la tercera entrega de MasterChef Junior, la Hermana Flor acompañó a los participantes a recoger hierbas de olor en el campo. Para sorpresa de los pequeños, un helicóptero del ejército mexicano aterrizó frente ellos. Asimismo, aparecieron varios tanques que llevaron a los niños a una base militar. Allí, recibieron la visita de Alan Rangel y Marlene Trujillo, ganador y finalista respectivamente de MasterChef México 2015. Ellos ayudaron a los concursantes en el reto de campo.
Alana y Daniel se encargaron de formar equipos tras su victoria en el programa pasado. Alana, primera en el desafío, tuvo la oportunidad de elegir entre coach o proteína. La yucateca eligió entonces lomo de cerdo. Por el contrario, Daniel seleccionó a Marlene para asesorar a su equipo y cocinó con pechuga de pollo.
El equipo rojo, liderado por Alana, lo completaron Marco, Roberta, María, Majo, Yoel, Kalem y Camila.
El azul, capitaneado por Daniel, lo conformaron Karla, Melanie, Alonso, Jave, Emiliano, Tamara y Efanyz.
Rojos y azules tuvieron 60 minutos para preparar la comida de 60 militares y 30 minutos para servirles.
Finalmente, ganó el equipo de Daniel y el de Alana se enfrentó al reto de eliminación por etapas. Ya en la cocina, la capitana reprochó a Kalem su actitud durante el desafío.
La primera parte del reto de eliminación consistió en hacer el mayor número de sopes perfectos en 30 minutos. Este desafío lo ganó Yoel, quien hizo 15 sopes. El concursante formó entonces las parejas para el siguiente reto: hacer guisados para los sopes en 45 minutos.
Las parejas formadas por María y Kalem, Alana y Roberta, Majo y Camila y Marco y Yoel cocinaron también con mandiles pegados. Los últimos 2 fueron quienes conquistaron a los jueces con sus antojitos y así consiguieron salvarse.
El último desafío de la noche consistió en hacer 3 flautas y una salsa en 1 hora. Los platillos menos afortunados fueron los de Roberta y Kalem, por lo que ambos se convirtieron en los siguientes eliminados del programa. Al igual que Cristian y Pablo, se llevaron motos para niños.