Deficiencias operativas y estructurales: Esto es lo que reconoció el propio Tren Maya en su programa anual de trabajo 2026, estos aspectos afectan su funcionamiento. Entre las problemáticas principales se encuentran la escasez de personal calificado y la falta de especialistas en sistemas ferroviarios, lo que obstaculiza tanto las contrataciones como la marcha general de la red.
Entre trabajos inconclusos y falta de talleres de mantenimiento, la infraestructura del proyecto aún presenta trabajos inconclusos en áreas críticas para la eficiencia operativa. Se suma la electrificación de vías y la habilitación de circuitos eléctricos que siguen en fase de construcción.
Además de los rezagos técnicos, el diagnóstico oficial advierte sobre riesgos ligados a una deficiente comunicación interna y a vulnerabilidades como amenazas de sabotaje y ciberataques, todo ello sumado a los impactos ambientales documentados durante su construcción, como la afectación a miles de hectáreas de selva y cenotes.
